La chiesa è stata testimone silente di alcune tra le vicende che hanno segnato profondamente la storia di Napoli, dalla prigionia di Masaniello alla morte di Eleonora Pimentel Fonseca, e ha custodito al suo interno opere di artisti illustri come Massimo Stanzione, Francesco Solimena ed un dipinto del fiammingo Cornelius Smet, che qualcuno ha sostenuto, negli anni, essere stato ritoccato da Michelangelo.

Nel Quattrocento, addossato alla chiesa, fu eretto un arco a due piani che collegava il campanile con un edificio adiacente alla struttura. Il secondo piano, decorato con stemmi aragonesi, pare ospitasse una stanzetta in cui trascorrevano le loro ultime ore di vita i condannati a morte.

Una delle storie più curiose e avvolte dal mistero è quella relativa proprio all’orologio posizionato sul primo piano dell’arco, anch’esso in stile gotico. L’antichissimo orologio presenta un doppio quadrante: uno visibile da via Duca di San Donato, che conserva ancora la caratteristica lancetta singola, eseguita a sbalzo, raffigurante un sole antropomorfo; ed una seconda faccia, visibile dal lato di Piazza Mercato (in direzione della Chiesa del Carmine Maggiore) con quattro teste marmoree poste in quattro tondi concavi.

A questo antichissimo orologio sono attribuite molte leggende oscure, alcune delle quali sono citate anche da Benedetto Croce in uno dei suoi scritti.

La storia che ruota attorno all’unica lancetta dello strano orologio, è quella relativa alla tremenda esplosione della nave “Caterina Costa” ormeggiata nel porto di Napoli il 28 marzo 1943, in piena guerra. L’esplosione della nave, carica di materiale bellico destinato alle forze armate italiane dislocate in Tunisia, causò la morte di ben 600 persone e oltre tremila feriti, nonché lo sprofondamento del molo e la distruzione parziale o totale di molti edifici giunta addirittura fino al Vomero e Pianura.

L’esplosione avvenne intorno alle ore 15:00 e proprio a quell’ora esatta si fermò l’orologio di Sant’Eligio, a causa di una lamiera che lo trafisse fermandone gli ingranaggi, ricordando per diversi decenni ai napoletani quel il tragico accaduto.

Fu solo nel 1993 che l’orologio riprese a funzionare, a seguito di un restauro e grazie al lavoro di un’associazione culturale e della Parrocchia.

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